Карантин, так в народе называют Карантинный холм, находится на южной окраине Феодосии. В VI веке до н.э. древние эллины основали здесь свое поселение. На вершине холма они возвели акрополь с храмами и другими общественными зданиями. На склонах холма находились жилые постройки. В дальнейшем именно на этом месте генуэзцы заложили цитадель. По поводу названия Карантина существует несколько версий. Согласно одной из них, название появилось после печально известной эпидемии чумы (1347-1351), известной в Европе как "черная смерть". О ней даже упоминается в произведении Дж. Боккачо "Декамерон".
В 1347 году среди войск хана Джанибека, которые вели осаду Кафы во времена Золотой Орды, вспыхнула чума, унесшая жизни тысяч воинов. Не в силах овладеть крепостью, татары стали забрасывать трупы умерших через оборонительные стены города при помощи катапульт. Эпидемия быстро распространилась по городу, и генуэзцы были вынуждены покинуть его. Спасаясь на судах, они повсюду распространили чуму. "Черная смерть" унесла в то время около 75 млн. человеческих жизней в разных странах Европы.
По другой версии, за крепостными стенами во времена турецкого владычества держали в сорокодневном карантине невольников и невольниц, прежде чем отправить их в рабство.
И по самой новой версии, в 1887 году, после ряда вспышек чумы в городе, здесь был учрежден Центральный карантин для судов, приходящих в порт из стран, где была велика угроза распространения заразных заболеваний. Здесь же останавливались на карантин мусульманские паломники, следовавшие из России к местам паломничества через Феодосийский порт. Эта служба и дала название данному району города.